阴茎结核病人常有结核病史，主要表现为阴茎头有轻度疼痛，并见溃疡长期不愈，体格检查见阴茎头有结节及溃疡，溃疡边缘清楚，周围硬，基底为肉芽组织或干酪样坏死。

由于阴茎结核罕见，故易误诊，应与诱发阴茎溃疡的其他病症如软性下疳、硬性下疳和阴茎阿米巴病相鉴别，对有加重结核的患者，更应提高警惕。阴茎结核的结节与溃疡或许与阴茎癌混淆，确定诊断的方式依靠活检或直接涂片查找结核杆菌及结核菌培养。

阴茎结核的常见并发症：尿道与阴茎结核可诱发尿道周围炎、尿道周围脓肿或继发感染，破溃后形成尿道瘘。 尿道结核，多继发于加重的泌尿生殖系结核，治疗较为困难，如泌尿生殖系结核早期积极治疗后恢复，而尿道狭窄的范围又较小，则预后较好。阴茎结核过去唯一有效的治疗方式是阴茎切除，由于抗结核药物的进展，只要积极配合医生的治疗，单用抗结核药物即或许治愈，并可保全阴茎的完整。